現在最爭議的事，要屬新冠疫苗混打這事了。世界衛生組織首席科學家史瓦米納坦（Soumya Swaminathan）認為研究證據不足，不宜混打。但是，德國、法國、瑞典、挪威及丹麥等國都提倡混打新冠疫苗。主要原因是，現在發表的研究結果裡，混打新冠疫苗都是安全且有效的。
如果由免疫形成抗體整個流程來看混打疫苗這事，應該是可行的。但理論上，它應有一致性才行。
第一類：抗體只為新冠病毒「冠狀」而製
現在新冠疫苗有兩種，一種是把新冠病毒棘蛋白（也就是它的那個冠）的基因資訊給身體，由細胞自己去合成這個部位。這個部位再被帶到免疫的軍機處（淋巴結）被審核，然後軍機處覺得我們好像不是第一次看到這個東西了，就會為它量身打造一個殺手，也就是抗體。往後如果再看到這個冠，這個殺手馬上就可以偵查到，免疫力也立刻能夠消滅它，讓它沒有機會繁殖。這類疫苗為AZ、強生、輝瑞、莫德納。
第二類：抗體為新冠病毒「整隻病毒」而製
另外一種是傳統疫苗，那就是把病毒先弄死，再打進去。由於免疫力不太理會死去的病毒，這是為什麼要加重金屬鋁為佐劑，因為就是它能把免疫軍隊招來查看怎麼回事。免疫也是把這死的病毒帶回軍機處，軍機處覺得「嗯，我們好像不只一次看到它了」或是「它滿嚴重的」，那就會為這整隻病毒打造一個抗體。下次病毒再進來，抗體殺手馬上就可以發現，能夠很快的招兵買馬消滅它，不給它機會繁殖。這類疫苗為中國大陸所製的兩支疫苗。
所以，第一類疫苗生產的抗體，是為新冠病毒上棘蛋白而製的，它的原理是，只要見到這個冠，就是我們要殺的敵人。而第二類疫苗生產的抗體，是為整隻病毒而製的。所以理論上，這兩種抗體是不相同的。因此混打第一類和第二類疫苗，免疫其實看到的是不同的東西，這樣就表示兩種軍機處看到的次數都不夠。軍機處第一次看到的是整隻病毒，第二次看到的是冠（棘蛋白）。這時，軍機處可能覺得入侵次數都不足，那不用浪費資源特別去做一個抗體了。這就讓兩支疫苗加起來的效益反而減低。
而第一類裡的疫苗混打時，其實最終軍機處看到的都是同一個冠。所以如果第一劑打的是AZ，軍機處就會看到新冠病毒上那個很有名的冠。第二劑如果打的是輝輲，軍機處最後看到的還是新冠病毒上那個冠。這樣軍機處就會覺得不行囉，太常看到這個外來的敵人囉，我們要給他製造一個抗體了。這就是為什麼打的疫苗雖然是不同的疫苗，但是卻能產生同樣的效益，一樣會產生抗體，形成免疫力。
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