新的研究和舊的研究，對幽門桿菌的看法完全不一樣。舊的研究認為它是壞菌，新的研究認為它與人類共同演化，是我們的共生細菌。共生細菌，只有在身體狀態不對時，才會作亂。
世界半數的人都有幽門桿菌住在消化道裡，如果不在胃部，就在腸道。但是，並不是所有有幽門桿菌的人都會造成胃發炎，很多有幽門桿菌的人並沒有任何症狀，也沒有胃部發炎。不只如此，很多研究還發現幽門桿菌的代謝物，能夠抑制會引發以下疾病的病菌：
- 肺結核
- 哮喘
- 克隆氏症
- 食道逆流
- 腹瀉
- 食道炎
也因為這些新的發現，所以醫界開始討論，用藥根除到底是好還是不好。很多研究發現，使用抗生素移除幽門桿菌，可能會讓反撲的幽門桿菌形成抗藥能力。
怎麼知道你有沒有幽門桿菌，請參見「怎麼檢測我有沒有幽門桿菌？」
菌種失衡、抗生素
新的菌確認技術，讓我們了解到，胃部環境其實並非無菌狀態。胃部跟腸道一樣，也是一個多菌所形成的生態。所以，菌種失衡，或是我們使用抗生素殺菌的時候，很容易造成這個生態失衡。生態一失衡，本來互相制衡的力量就消失了，本來乖乖的菌就可能開始作亂了。
免疫下降
免疫和菌叢的關係是互相影響的。當菌叢失衡時，免疫能下降；當免疫下降時，菌叢也可能失衡 。
胃酸不足（抑制胃酸藥物）
人隨著年紀的增長，或是有壓力時，胃酸都會自然下降。除此，抑制或中和胃酸的藥物，也能讓胃的環境變的比較不酸。胃酸下降時，本來好好的幽門桿菌就可能作亂。
均衡飲食平衡菌種
如果我們把幽門桿菌當作消化道裡的菌生態一員，那麼只有其他菌也健康，才能互相抑制制衡。因為菌各自都有吃的主食，所以只有我們飲食均衡時，菌生態才可能平衡。
咖哩和辣椒能抑制
研究發現，日本有最多人得胃癌，它與幽門桿菌有很大的關連。但是，在印度雖然幽門桿菌感染率也非常高，胃癌人數卻不高，可能跟飲食裡含有辣椒和咖哩（薑黃）有關。
注意用藥副作用
幽門桿菌是一種細菌，所以用抗生素可以殺死它。但是，研究發現，使用抗生素後幽門桿菌並沒有死亡，而只是處於休眠狀態，再回頭作亂時很可能就產生抗藥性了。很多藥物都能夠讓幽門桿菌作亂，請參見胃潰瘍的藥物副作用。
支援消化保健品
由於胃酸環境能夠抑制幽門桿菌的活動，因此年長的人，或是有消化不良症狀的人（大便放屁臭、胃食道逆流、脹氣打嗝），都建議使用支援消化的保健品。消化保健品使用方法請參見「支援消化的保健品如何使用？」。
補充益生菌
補充益生菌不是只吃市售益生菌，也可以搭配輪著吃各種天然發酵的食品。益生菌保健品使用方法請參見「益生菌保健品如何使用？」。
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